March 2nd, 2011

A Coarse-Grained Physical Model for RNA

Грубозернистая физическая модель РНК

https://simtk.org/home/cgmodel


Обзор проекта


Описание:
Цель этого проекта - разработка грубозернистой (ГЗ) модели РНК с функциональными группами, основаниями, а также уровнем вторичной структуры.
В основанной на функциональных группах модели каждое сахарное кольцо, фосфатный мостик и основание отображается как ГЗ частица. "Форма" частицы описывается анизотропной функцией Гай-Берна. Точка мультиполя помещается в центр и выбираемые нецентральные положения. Эта модель показала себя успешной в описании молекулярной жидкости с водородными связями.
Цели/краткий реферат: 1) Программа жётскотельной МД симулировала грубозернистую РНК. 2) Получены параметры РНК на уровне функциональных групп. 3) Программа преобразовала между грубозернистой и поатомной структурой. Визуализация PDB-просмотрщиком и SimTk ToRNADo.

Слушатели:
Биомедицинские и вычислительные исследователи были заинтересованы в моделировании РНК на большой временной шкале. Методология может быть расширена также и на белки.

Долгосрочные цели и связанные использования: Инструмент усложнённого программного физического моделирования РНК и других биомолекул. Это требует дальнейшего совершенствования физических моделей, включая воздействие растворителя и противоионов. Проверка и уточнение параметров за счёт сравнения экспериментальных и других теоретических методик; Параллелизация энергетического и силового порядка жёсткотельной МД симуляции; Сочетание вариантов грубозернистых моделей, включающих поатомные модели чтобы моделировать во множестве масштабов.